Във връзка с информацията за образуване на големи опашки на граничния контролно-пропускателен пункт „Капитан Андреево”, излъчена по bTV на 31 януари 2009 г., и акцентът в нея, че причината е системата „единен фиш”, от Министерството на държавната администрация и административната реформа правят следните уточнения:

"Не самата система „единен фиш”, а допуснати грешки в експлоатирането й са основната причина за възникналия проблем. Спирането на системата се дължи на заразяването й с компютърни вируси. Вирусите са намерили „прозорец” в защитата на системата през инсталираните без съгласуване със системен администратор компютри на работни места на агенция „Митници” и Националната ветеринарномедицинска служба. Установявайки заразата, системата се е самоизключила, за да избегне загубата на данни. ИТ специалистите на „Безконтактни мултиплексорни вериги” ЕООД на МВР, които поддържат системата, са били информирани за проблема едва на 31 януари 2009 г. около 9 ч. и незабавно са предприели действия за отстраняване на повредата. Нормалната дейност на граничния пункт е възобновена малко след тяхната намеса.

За предотвратяване на подобни проблеми в експлоатацията МДААР подготвя изменения в Наредбата за ГКПП, които да конкретизират отговорността и администрирането на системата на всички външни за ЕС ГКПП.

Системата „единен фиш” не увеличава времето за обработка и преминаване на МПС през граничните пунктове. Забавянето в обработката на товарните автомобили след 1 януари 2009 г. се дължи на въведената мярка за събиране на акциз върху горивата за МПС над 200 л, което няма нищо общо със системата „единен фиш”."