Програмата се финансира от два фонда на Европейския съюз: Кохезионния фонд и Европейския фонд за регионално развитие.
Цели на програмата са: интегриране на националната транспортна система в транспортната мрежа на ЕС;постигане на баланс между видовете транспорт.
Бенефициенти: Национална компания „Железопътна инфраструктура”, фонд “Републиканска пътна инфраструктура”, Агенция за изследване и поддръжка на река Дунав, Изпълнителна агенция „Морска администрация”, държавно предприятие “Пристанищна инфраструктура”, община София, Министерство на транспорта.
Съгласно предварителния финансов план общият бюджет на ОП „Транспорт” за периода 2007-2013 г. ще възлиза на 2 003 481 168 евро, от които ЕС (чрез ЕФРР и КФ) ще осигури 1 624 479 623 евро.
Управляващ орган на ОП „Транспорт” е Министерството на транспорта чрез Дирекция “Координация на програми и проекти”.